지구당 운영과정에서 드러난 가장 큰 문제는 지구당 운영에 막대한 비용이 든다는 점이었다. 지구당 사무소를 상시 운영하기 위해서는 상당한 인적·물적 조직이 필요하고, 이를 위하여 사무소 임대료, 인건비 등을 비롯한 많은 비용이 소요되었다. 따라서 지구당 제도는 비용이 많이 들면서 효율은 낮은 이른바 ‘고비용 저효율’ 정당구조의 원인 중 하나로 지목되었고, 나아가 정치부패의 폐해를 심화시킨다는 비판을 받기도 하였다.
또한 지구당 운영 경비의 조달을 지구당 위원장에게 의존하면서 지구당이 사당화(私黨化)되는 문제점도 심각해졌다. 지구당 위원장은 지구당 수준의 모든 의사결정을 독식했으며, 시·도의원이나 기초단체장 후보경선에 적극 개입하였다. 따라서 지구당은 유권자의 여론을 수렴하고 정치적 이념이 같은 사람을 결집시켜서 정치적 충원을 담당하는 풀뿌리 민주주의 조직으로서 기능하지 못하고, 주로 현역 정치인이나 정치 후보자의 선거조직 관리와 선거동원의 수단으로 이용되어 왔다는 비판도 받았다.
이유: 1. 지구당 제도는 비용이 많이 들면서 효율은 낮은 이른바 ‘고비용 저효율’ 정당구조의 원인
2. 정치부패의 폐해를 심화시킨다는 비판
3. 지구당이 사당화(私黨化)되는 문제점도 심각
4. 정치적 충원을 담당하는 풀뿌리 민주주의 조직으로서 기능하지 못하고, 주로 현역 정치인이나 정치 후보자의 선거조직 관리와 선거동원의 수단으로 이용되어 왔다는 비판
참고로 헌법재판소 판결이다
민주노동당은 지구당 제도 폐지에 반발하여 정당법 제3조에 관하여 헌법소원을 제기하였으나, 헌법재판소는 청구를 기각하였다(헌재 2004. 12. 16. 2004헌마456).
