헌법에 보장되어 있는 종교의 자유에 대해 문항이 모호하다보니
신천지 같이 이단에다가 정치에 개입해서 특정 인물을 지지하는 등의 공작을 벌이는 불법단체나
통일교 처럼 전 세계적으로 문제가 되거나 증산도 처럼 괴상한 망상에 빠진 단체도 종교로 인정되고 있습니다.
과거에 종교를 제정할 때 감리교나 장로교, 조계종, 천태종, 태고종 등이 모두 종교로 등록하였습니다만 종교법을 제정해서 종교로 국가가 공인한 단체나 종교 외에는 모두 종교로 인정을 하지 않아서 문제가 있는 단체라면 종교법에서 보장하는 종교가 아니므로 종교가 문제를 일으키면 문제를 삼아야 한다고 봅니다. 예를 들어 불교계에서 이단이라고 규정되고 있는 창가학회의 경우 60년대 문교부에서 왜색종교라고 포교를 금지하고 단속한 사례가 있습니다.