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시대전환 조정훈 의원은 최재해 감사원장을 향해 “대통령은 법에 따라 감사원에 감사 요구를 할 수 없다”는 질의를 했고, 조 의원은 "법에 따라 감사 요구는 감사원과 국회, 국민청원, 국무총리만이 할 수 있다"는 내용이었다. 이에 최 원장은 "아니다, 대통령도 국민의 한 사람으로 볼 수 있다”며 대통령이 감사를 요구하는 데 문제가 없다는 취지로 답했다.
최 원장은 이어 “참여정부 때 17건 감사 요구를 (청와대로부터) 받았고, 이 중 10건에 대해 감사 통지를 한 바 있다”며 독립성 논란에 대해 “(대통령실의 요구를) 수용하느냐 안 하느냐를 결정하는 것을 독립적으로 한다”고 밝혔다.
국감에서는 문재인 전 대통령에게 서해 공무원 피살사건과 관련한 서면질의서를 발송한 데 대한 논란도 이어졌다. 문 전 대통령 감사가 감사위 의결 없이 이뤄졌다며 부적법하다고 주장했고, 유상범 국민의힘 의원은 "문재인정부에서도 감사위 의결 없이 전직 대통령 감사를 했다"며 "내로남불"이라고 비판했다.
한편 최 원장은 문재인 전 대통령 서면질의서 발송에 대해 “제가 결정했다”고 말했다. 그러면서 “문 전 대통령이 불가침 성역은 아니라고 생각한다”고도 했다.